Elitná vojenská jednotka GI Joe sa vracia na veľké plátno, tentoraz v špeciálnom 3D. Príbeh je pokračovaním prvého dielu a priamo nadväzuje na jeho koniec, keď členovia zlej organizácie Cobra prevezmú kontrolu nad krajinou. Ich prvou úlohou je eliminovať jednotku špeciálnych síl GI Joe, ktorá im zabránila...
Elitna vojaška enota G.I. Joe se vrača na filmska platna, tokrat tudi v posebni tehniki 3D. Zgodba je nadaljevanje prvega dela in se neposredno navezuje na njen konec, ko pripadniki zlobne organizacije Kobra prevzamejo nadzor nad državo. Njihova prva naloga je izobčenje enote specialcev G.I. Joe, ki so preprečili njihov zlobni načrt. Krvavi spopadi terjajo svoj davek v enoti in le redki preživeli se lahko združijo pod vodstvom odločnega generala Coltona v boj proti neprimerljivi vojski z uničujočim orožjem.